2007年6月29日，南都公益基金会第一届理事会第一次会议在北京举行。第一届理事会7位理事——周庆治、何伟、徐永光、王海光、林旦、杨晓光、康晓光——全部出席。基金会监事陆建桥、白岩松与基金会顾问陈宇廷列席会议。会议主持人为何伟。

会议决定周庆治任南都公益基金会名誉会长，选举何伟为理事长，徐永光为副理事长兼秘书长，并增补杨岳、黄传会、赵亦斓为理事。

会议审议并通过了《新公民计划立项报告》和《新公民学校项目预案》，决定在全国实施新公民计划，包括捐建新公民学校，资助非营利组织为农民工子女开展公益活动，从而改善农民工子女的成长环境。

会议审议并通过了对南都公益基金会使命及愿景表述。南都公益基金会的使命是支持民间公益——南都公益基金会关注转型期的中国社会问题，资助优秀公益项目,推动民间组织的社会创新，促进社会平等和谐。南都公益基金会的愿景是人人怀有希望——如果每个人心中都怀有希望，这个社会就会有光明的前途。

会议还审议并通过了南都公益基金会章程修订，审议并通过理事会工作制度、监事工作制度、资助项目管理制度、合作项目管理制度等一系列管理制度。会议还决定设立南都公益基金会上海办事处。